گیاه چویل یکی از گیاهان دارویی مهم است و با اینکه تودههای مختلفی از آن در ایران وجود دارد ولی گزارشی از بررسی تنوع ژنتیکی آن موجود نیست. در این مطالعه برای ارزیابی تنوع ژنتیکی 8 اکوتیپ چویل، از نشانگرهای مولکولی استفاده گردید. پس از تهیه اکوتیپها از رویشگاهها و شرکت پاکان بذر اصفهان، استخراجDNA انجام و سپس واکنش زنجیرهای پلیمراز با استفاده از 12 آغازگر ISSR انجام شده و دادههای مولکولی بدست آمده تجزیه و تحلیل شدند. واکنش زنجیرهای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای مورد استفاده باندهایی تولید کرد که میزان چندشکلی آنها بین 23 تا 100 درصد متغیر بود. آغازگرهای F6, F8, F9 و F11 بیشترین و آغازگر F10 کمترین درصد چندشکلی را نشان دادند. همچنین بالاترین مقدار PIC برای آغازگرهای F6 و F11 بدست آمد. متوسط شاخص شانون در این مطالعه 38/0 بود که کمترین آن مربوط به آغازگر F10 و بالاترین آن متعلق به آغازگر F11 بود. تجزیه خوشهای دادههای مولکولی، 8 اکوتیپ را به چهار گروه متفاوت تقسیم کرد. بیشترین تشابه ژنتیکی بین اکوتیپهای زردکوه و گایونه و کمترین تشابه ژنتیکی بین اکوتیپهای وزگ و آب نهر مشاهده شد. به نظر میرسد مهاجرت اکوتیپها بین چهار استان همجوار چهارمحال و بختیاری، کهگیلویه و بویراحمد، فارس و اصفهان صورت گرفته است. تحقیق حاضر نشان داد که نشانگر ISSR برای بررسی تنوع ژنتیکی چویل مناسب است.